Vzhledem k tomu, že denně prodá nebo koupí zboží přes Aukro.cz velké množství lidí, je žádoucí, aby byl takovýto systém bezpečný a budil důvěru svých klientů. Aukro.cz má několik systému bezpečnosti.
Jedním z nich je psaní komentářů, které vyjadřují důvěryhodnost uživatele. Uživateli může být dán pozitivní, neutrální nebo negativní komentář. Za pozitivní komentář dostává uživatel jeden bod, za negativní komentář o jeden bod naopak přichází a v případě neutrálního komentáře se nijak stav konta počtu bodů nemění. Jestliže uživatel dosáhne loga s označením super prodejce, stává se opravdu již spolehlivým a u takového člověka je vyšší míra jistoty než u jiných.
Velmi pozitivně lze vnímat krok k bezpečnosti, a to prostřednictvím Programu ochrany kupujících, na základě kterého je možno kupujícímu přiznat finanční náhradu v maximální výši 20 000 Kč. Tuto náhradu lze poskytnout v případě, že kupující již uhradil cenu, ale zboží mu nepřišlo, a dále pokud kupujícímu dorazilo zboží, které se ale značně liší od nabízeného v aukční síni. Tento program má samozřejmě podmínky, které je nutno přesně dodržet. Jednou z nich je například oznámení pro případ spáchání trestného činu nebo přestupku a kopii zaslat na Aukro.cz. Veškeré další podmínky je možné získat na internetových stránkách Aukro.cz.
Dále Aukro.cz vyžaduje ověření prodávajících. Ti musí nejprve vyplnit registrační formulář, a poté je mu zaslán do 14 dní dopis s aktivačním kódem, který je nutný pro plnou aktivaci účtu. Poté může prodávající neomezeně využívat všech služeb nabízených v aukčním systému. Je doporučeno, aby si i kupující plně aktivoval svůj účet, jelikož až poté bude mít přístup na všechny aukce, jelikož prodejce může u své dražby zvolit podmínku, že přihazovat mohou pouze uživatelé s plně aktivujícím účtem.
Aukro.cz se také zaštiťuje společností svých uživatelů, se kterými je neustále v kontaktu. V případě, že má uživatel pocit, že aukce nebo prodejce porušuje daná pravidla, může na toto upozornit správce prostřednictvím formuláře nebo pomocí tlačítka „ověření aukce“.
Je taktéž dbát několik základních pravidel. V případě prodeje je nutné důkladně popsat předmět prodeje, přiložit kvalitní fotografie a popsat možnost dopravy a platby. Zboží je bezpečné posílat vždy doporučeně, nikoliv pouhou obyčejnou poštovní zásilku. Při bezpečném nákupu je nutno dbát na kontrolu hodnocení prodejce, pečlivé pročtení popisu předmětu prodeje a na kontrolu fotografií. Je nevhodné reagovat na prodeje mimo systém Aukro.cz.
Je také nutno dbát na bezpečnost samotného účtu, tudíž uživatel si musí zvolit silné heslo a nikomu ho nesdělovat. Důležité je rovněž mít zabezpečený počítač, ze kterého se transakce provádějí.